La perspective de la création d’un État indépendant au Sud-Soudan, à la suite du référendum, réjouit Israël.

Le gouvernement Netanyahou a de bonnes raisons de penser que les nouveaux dirigeants de Juba établiront à court terme des relations diplomatiques avec l’État hébreu. Des hommes d’affaires israéliens sont déjà entrés en contact avec les futures autorités pour des projets hôteliers (construction d’un établissement de luxe) ou commerciaux (mise en place d’une ligne aérienne Tel-Aviv-Juba-Nairobi exploitée par la compagnie El Al). Israël bénéficie, il est vrai, d’un préjugé favorable auprès des Sud-Soudanais. Dans les années 1960 et 1970, le mouvement rebelle Anyanya puis celui de John Garang reçurent une aide discrète en armes et en équipements de la part de l’armée israélienne. Plus récemment, le lobby juif américain a ouvertement milité auprès de la Maison Blanche pour la tenue du référendum. Enfin, plusieurs milliers de Sud-Soudanais ont obtenu le statut de réfugiés politiques en Israël.